A denúncia de uso irregular das verbas do FUNDEB em Bacabeira motivou a abertura de uma investigação pelo Ministério Público do Maranhão (MPMA) para apurar as supostas irregularidades. A acusação foi formalizada em 2024 pelo Sindicato Intermunicipal dos Servidores Públicos Municipais de Rosário, Bacabeira e Presidente Juscelino (SISMURB), quando Bacabeira era administrada por Fernanda Gonçalo. Embora a cidade tenha mudado de mãos, o comando permaneceu dentro da mesma família, com a atual prefeita, Naila Gonçalo, sobrinha da ex-gestora e Hilton Gonçalo.
A investigação, conduzida pela 02ª Promotoria de Justiça de Rosário, mira eventuais desvios nas finanças públicas, especialmente em relação à adesão à Ata de Registro de Preço realizada pelo município. As denúncias indicam que as verbas do FUNDEB podem ter sido utilizadas de maneira irregular, prejudicando a aplicação dos recursos destinados à educação.
A promotora de Justiça, Fabiola Fernandes Faheina Ferreira, determinou novas diligências e solicitou à Assessoria Técnica da Procuradoria Geral de Justiça (PGJ) a elaboração de parecer técnico.